Otwór jaskini jest szeroki na około 2 m, położony nad stromym upłazem, pod okapem. Tuż za nim leży duża wanta. Tu następuje rozdwojenie. Na prawo, ku NE, biegnie 10-metrowy ciąg. Na początku korytarz o szerokości 0,9 m i dnie pokrytym sporymi głazami opada nieco, przechodzi następnie w wysoką na około 2,5 m szczelinę, która rozszerza się w mała komórkę (1,8x2,5x2,5 m), z wielką wantą na dnie. Stąd ciąg wznosi się, jest coraz ciaśniejszy, niższy, w końcu zamyka go zawalisko.
Wracamy do wanty przy otworze. Na lewo (ku SW) opadający nieco korytarz, o dnie zasłanym głazami, doprowadza po około 5 m do sali (2,8x8,3x5 m), rozwiniętej na szczelinie o kierunku N-S, zasłanej dużymi głazami. Przy ujściu do sali jest wanta tworząca mały prożek. W SW części sali znajdujemy niski otwór ciasnego ciągu, wiodącego ku W. Ciąg ten ma ponad 14 m długości. Już po 2 m jest ciasny przełaz (0,4x0,7 m), za nim następuje stopniowe rozszerzenie korytarza, który przechodzi we wznoszącą się szczelinę o przekroju trójkątnym (1,1x2 m), nierównych ścianach i dnie zasłanym gruzem oraz wantami, które utrudniają przejście. Ciąg staje się coraz ciaśniejszy i zakończony jest ślepo.
Jaskinia rozwinęła się w wapieniach malmo-neokomu autochtonicznej serii wierchowej. Stanowi jeden z fragmentów podziemnych przepływów Potoku Kościeliskiego. Korytarze jaskini predysponowane są szczelinami o przebiegu SW-NE i W-E; sala ma charakter zawaliskowy i rozwinięta jest na szczelinie N-S. Namulisko tworzy głównie wapienny gruz autochtoniczny, duże wanty oraz glina. Na osadach znaleziono odchody nietoperzy. Wójcik (1966a) podaje profil osadów w wykonanym przez siebie przekopie. Pod obtoczonymi głazami wapienia znajdują się osady ilaste zmieszane ze żwirowo-piaszczystym rumowiskiem rzecznym oraz kośćmi niedźwiedzi jaskiniowych. Autor ten sugeruje, iż materiał kostny został wymieszany z osadem w górnym würmie, a następnie pokryty zawaliskiem.
Światło sięga do komórki w NE ciągu oraz do sali, która w głębi jest ciemna. Jaskinia jest wilgotna, przewiewu zwykle nie wyczuwa się.Kowalski 1953 podaje, że w czasie halnego wiatru da się wyczuć wyraźny przeciąg od zawaliska końcowego w ciągu NE.
W otworze występuje skąpa roślinność kwiatowa oraz porosty. Faunę reprezentują owady i nietoperze. Kowalski 1955a wymienia gatunek Stenophylax permistus(Mc Lachlan), nie precyzując w której z Dziur nad Raptawicką został znaleziony.