Główny otwór, położony w dużym leju krasowym, jest myty, ma wymiary 1,8x2,5 m. Prowadzi do obszernego, stromo opadającego korytarza, który przebija Dziurawą Turnię. Uchodzi on ku SSW szczelinowym otworem (1,6x4-5 m), tworzącym okno skalne nad przepaścistym stokiem. Z korytarza na lewo, do góry, idziemy pod malowniczym łukiem skalnym na Dziedziniec. „…powstał niewątpliwie przez zapadnięcie się dawnej komory jaskiniowej, a ściany jego nachylone są ku wnętrzu tworząc okapy. Dziedziniec otwarty jest ku południowi na stok Doliny Kościeliskiej (Kowalski, 1953a)”.
Zaraz za ostrogą skalną, wzdłuż której idziemy na Dziedziniec, odchodzi na lewo krótka, bardzo ciasna odnoga z odgałęzieniami. Nieco dalej, w pobliżu szczytu stożka nasypowego, w stropie widać komin (8,8 m), uchodzący otworem o średnicy około1 m na powierzchnię w grani Organów. (Aktualnie wiatrołomy utrudniają dojście do niego z grani). Natomiast od podstawy ściany prowadzi ku NE krótka, bardzo ciasna, zwężająca się szczelina. Za jej odejściem znajduje się duży otwór obszernego korytarza ciągu głównego jaskini. Korytarz ten, rozwinięty na szczelinie SWW-NEE, ma 49 m długości. Po kilku metrach od wejścia do niego, następuje rozszerzenie do 3 m (za rozszerzeniem na prawo, ku S odchodzi bardzo ciasny boczny korytarzyk o długości 7 m), a po około 20 m – ponowne zwężenie. Początek i koniec szerokiej części ciągu ma charakter komór zawaliskowych. W tej części jaskini dno pokrywają wielkie wanty i rumosz skalny. Dalej korytarz staje się wysoką, lecz węższą szczeliną, jego dno opada nieco, jest zamulone. Na ślepym końcu korytarza widać głębokie jeziorko, wysychające tylko przy długotrwałej suszy. Z niedostępnej szczeliny wpływa do niego struga wody.
Wracamy na Dziedziniec. Z jego SE krańca, za niskim otworem, wiedzie ku SSW wąski, myty na szczelinie korytarz, który po 19 m uchodzi oknem (0,3x2,1 m) w ścianie turni. Nieco przed tym otworem można przejść na lewo, do krótkiego równoległego korytarzyka, również uchodzącego w ścianie turni, tuż obok poprzedniego okna.
Wracamy na Dziedziniec. Idąc ku SW, trafiamy na następny wąski, boczny korytarz (10 m długości), wiodący również ku SSW. Uchodzi on oknem w ścianie turni. W połowie tego ciągu jest przejście do dwóch dalszych, równoległych korytarzyków. Pierwszy z nich uchodzi na powierzchnię obok poprzedniego okna, a drugi – ku SSW kończy zwężająca się szczelina, natomiast ku N, nad progiem (2,8 m) – następuje ponowne rozdzielenie na ciasne, równoległe szczeliny, uchodzące oknami w ścianie Dziedzińca.
Jaskinia rozwinięta jest w wapieniach malmo-neokomu jednostki Organów (seria wierchowa, płaszczowina Czerwonych Wierchów).
Ściany są silnie zwietrzałe, w korytarzu głównym brak nacieków, natomiast w bocznych korytarzykach (szczególnie w SW części jaskini) występują nacieki grzybkowe, mleko wapienne, drobne stalaktyty i stalagmity. W kilku miejscach zachował się poziom „fałszywej podłogi”, którą stanowi polewa 4,5 cm grubości, zbudowana z krystalicznego kalcytu, przyrośnięta do ścian. Pierwotnie polewa ta cementowała namulisko, później wypłukane przez wodę. Dno pokryte jest przeważnie odpadłymi ze ścian i stropu głazami i namuliskiem gliniastym. W głównym korytarzu Wójcik (1960b, 1966a) opisuje namulisko piaszczyste 2-metrowej miąższości. Przy otworze głównym oraz na Dziedzińcu głazy pokrywa gleba.
Rudnicki (1958, 1967) podobnie jak Wójcik (1960a,b, 1966a) uważa jaskinię za podziemny przepływ Potoku Kościeliskiego powstały w pliocenie. Wójcik zalicza jaskinię do VI (1960b) i do VIII (1966a) piętra jaskiń tatrzańskich.
Światło sięga do kilkunastu metrów w głąb korytarza głównego. W jaskini nie wyczuwa się ruchów powietrza, w korytarzykach SW części jest on zależny od warunków atmosferycznych panujących na powierzchni.
Jaskinia jest silnie wilgotna, w wielu miejscach występuje deszcz podziemny, którego nasilenie zwiększa się znacznie w okresach deszczowych; przed końcem głównego korytarza tworzy się okresowe jeziorko.
Roślinność zielona, obficie występująca przy otworze głównym i na Dziedzińcu, została opisana przez Żmudę (1915). W trakcie inwentaryzacji jaskiń tatrzańskich T. Bielska 6 VIII 1979 r. zebrała i oznaczyła następujące gatunki roślin (oznaczenia mszaków wykonała J. Mickiewicz) :
kwiatowe – Chrysosplenium alternifoliumL., Adoxa moschatellinaSch. et Tell., Viola bifloraL., Arabis alpinaL., Arabis halleriL., Anthriscus nitidisGarcke, Stellaria nemorumL.
mszaki – Neckera crispa/L./Hedw., Eurhynchium swartzii Hobkirk, Brachythecium velutinum Br. eur., Polytrichum alpinum L., Mnium orthorrynchum Br. eur., Mnium cuspidatumLeys., Pellia epiphylla /L./Corda, Ctenidium moluscum Mitt., Tortella tortuosaLimpr., Cratoneurum decipiens /de Not/Lske, Bryum sp.
Fauna jest reprezentowana przez nietoperze nocki wąsate (Myotis mystacinus) i gacki wielkouche (Plecotus auritus) – Kowalski (1953a). Wójcik (1966a) opisuje z namuliska kości niedźwiedzia jaskiniowego Ursus spelaeus, a Stach (1934) wymienia owada Onychiurus armatus. Kowalski (1955a) podaje następujące owady: Triphosa dubitata L., Scoliopteryx libatrix (L.), Vanessa io (L.) (błędna nazwa, winno być Inachis io- przyp.red) i Onychiurus armatus Tullberg. W trakcie inwentaryzacji jaskiń tatrzańskich OW PTPNoZ E. Sobiepanek-Krzyżanowska zebrała w dniu 7 sierpnia 1978 r. i oznaczyła skoczogonki Onychiurus tuberculosusi Onychiurus armatus. W jaskini jest prowadzony monitoring nietoperzy. Piksa (1995) wymienia następujące gatunki nietoperzy: Myotis Brandti, Eptesicus nilssoni /Keyserling/, a w innej pracy – Piksa (1998) – Myotis myotis /Borkhausen/ – obserwowany latem), Eptesicus nilssonii /Keyserling/, Barbastella barbastellus. Piksa i Nowak (2001) opisują występowanie Barbastella barbastellus.
Według K. Kowalskiego (1953a) : „Jaskinia znana jest od dawna zbójnikom i poszukiwaczom skarbów. Prawdopodobnie do tej jaskini odnosi się opis Goszczyńskiego...Pierwszy dokładny opis dał Pawlikowski (1887). W r. 1900 wyznakowano drogę do groty, dziś jednak znaki są zupełnie zatarte. Niegdyś jaskinia była często zwiedzana, dziś rzadko tylko zapuszczają się do niej turyści.” I dalej: „Trzeba wreszcie wspomnieć, że Okna Zbójnickie są miejscem, w którym rozgrywa się akcja jednego z rozdziałów „Popiołów” Żeromskiego, zatytułowanego „Okno skalne”.