Jaskinia Goryczkowa posiada tylko jeden otwór o owalnym kształcie (1,4x0,8 m). Początkowe partie stanowi zygzakowaty korytarz o długości około 15 m. Średnia wysokość I szerokość tego korytarza wynosi 2 m. Na tym odcinku korytarza głównego odchodzą w lewo cztery odgałęzienia (trzy na poziomie dna oraz czwarte położone wyżej), natomiast w prawo – trzy. Jeszcze przed otworem odchodzi w lewo korytarzyk, nie zaznaczony na planie, który dochodzi do pierwszego odgałęzienia w lewo po około 6 metrach. Jedno z odgałęzień, znajdujących się na końcu zygzakowatego korytarza wstępnego, wznosi się ku górze i przechodzi w kręty I ciasny 8-metrowy korytarzyk.
W ciągu głównym na ścianach, spągu I stropie występują zagłębienia wirowe, które wskazują na dwa przeciwne kierunki przepływu wody (pierwszy do otworu, drugi w głąb jaskini). Przepływ wody w kierunku otworu przypuszczalnie dokumentuje starszy etap w rozwoju jaskini, kiedy odwadniała ona południowo-wschodnie zbocze Doliny Bystrej. Kierunek odwrotny spowodowany był najprawdopodobniej przepływem wód lodowcowych w okresie ocieplenia, które wykorzystywały istniejącą już jaskinię. Pozostałe dwa odgałęzienia prowadzą do dolnych partii jaskini. Pierwsze, w prawo, biegnie stromym kominkiem dochodzącym do małej platformy znajdującej się nad dolną komorą. Z platformy, dalej w dół prowadzi kręty korytarzyk dochodzący do niewielkiej sali (z lustrem tektonicznym). Od korytarza odchodzi w prawo 1,5 m korytarzyk, skręcający w lewo, a następnie stromo w górę 2 m kominkiem. Kominek przechodzi w poziomy, niski, 8 m korytarz, urywający się 5-metrowym progiem opadającym do sali z lustrem tektonicznym. Przed progiem w prawo odchodzi ciasny, kilkunastometrowy korytarzyk. Drugie odgałęzienie odchodzące od górnych partii jaskini opada początkowo w dół pochylnią, która następnie przechodzi w pionową studnię. Od dna studni korytarz główny prowadzi do sali z lustrem tektonicznym. Na ścianach I stropie tego korytarza występują zagłębienia wirowe. W lewo od dna studni opada w dół korytarzyk zakończony syfonem.
Od sali z lustrem tektonicznym w kierunku południowym biegnie wąski korytarz dochodzący do dolnej komory. Od dna korytarza odchodzi wąskie przejście, cofające się ku północy, prowadzące do małej salki (nie zaznaczona na planie). Od dolnej komory w górę prowadzi kilkunastometrowy komin, w 2/3 którego znajduje się opisywana już platforma, natomiast w kierunku SW korytarze doprowadzają do komory końcowej. W południowej części komory końcowej występują zagłębienia wirowe, które wskazują na dawne przepływy wody w dół szczelinami niedostępnymi dla człowieka.
Od sali z lustrem tektonicznym w kierunku NE, około 2 metry w lewo po dojściu do tej sali z dna studni, odchodzi korytarz, początkowo biegnący równolegle do odcinka pomiędzy studnią a salą z lustrem tektonicznym. Kowalski (1953a) sugerował łączność tego korytarza z syfonem, znajdującym się w bocznym korytarzu odchodzącym na lewo od studni. W grudniu 2001 niski stan wody w jaskini umożliwił sprawdzenie tej sugestii i okazało się, że nie istnieje łączność pomiędzy wspomnianymi korytarzami. W przypadku bardzo niskiego stanu jeziorka można go przejść i wymytą rurą o przekroju około 1x1 m dojść do rozwidlenia. W kierunku zachodnim charakter korytarza się nie zmienia i po około 8 m kończy się przekopem, natomiast w górę około 5 metrów biegnie komin. Na poziomie 3 metrów komin przecina poziomy korytarzyk o średnicy około 1m. Wszystkie te partie mają charakter freatyczny. Ściany pokryte są zagłębieniami wirowymi, które wskazują na dawny kierunek przepływu ku otworowi.
Jaskinia powstała w wapieniach malmu (seria wierchowa, fałd Giewontu - Rabowski, 1959), natomiast Wójcik (1966a) podaje, że w wapieniach triasu. Jaskinia tworzy system gąbczastych korytarzy, jedynie wschodnia część jest zawaliskowa (Wójcik, Zwoliński, 1959). Przesunięcia wg tych autorów powstały prostopadle do zboczy dolin preglacjalnych lub staroplejstoceńskich, aktualnie mają one przebieg równoległy do dna doliny, zaś zawaliska, które w wyniku ich powstały spowodowały przesunięcie dolnej komory na północ o około 2 m. Jednocześnie sala ta w całości została zrzucona w dół o 4-5 m. Z bardzo wyraźnym przesunięciem wzdłuż płaszczyzny ukośnej tnącej korytarz jaskini spotykamy się w sali z lustrem tektonicznym (w materiałach archiwalnych miejsce to określone jako “pod progiem z drabinką”). W tym miejscu korytarz jest przecięty płaszczyzną, która tnie korytarz na wysokości około 1,2 m. płaszczyzną o biegu około 90° i upadzie około 20°N. Przesunięcie nastąpiło wzdłuż płaszczyzny pęknięcia i wynosi około 5 cm. Tam, gdzie korytarz pokryty był polewą naciekową, uległa ona przy tym pęknięciu i zniszczeniu.
Spąg korytarzy w Jaskini Goryczkowej pokryty jest osadami żwirowo-piaszczystymi o pochodzeniu allochtonicznym oraz autochtonicznym gruzem wapiennym i gliną. W końcowej komorze znajdują się bloki granitognejsów - Wójcik (1959b) podaje, że zostały one przyniesione przez odkrywców (?) oraz, że przy otworze występuje próchnica. Wyniki swoich badań Wójcik przedstawił w pracach (1960b, 1961, 1966a, 1968) przypisując jaskinię do II z wyróżnianych przez siebie poziomów jaskiń tatrzańskich oraz wiązał jej ewolucję z kolejnymi zlodowaceniami. Wójcik i Zwoliński (1959) badali w jaskini młode przesunięcia tektoniczne. Interpretację pochodzenia zawaliska w końcowej komorze oraz pomiary upadów warstw w jaskini w celu ustalenia budowy geologicznej Myślenickich Turnii wykonał M. Lipiec (1990), co potwierdziła w swoich badaniach również Kicińska (1996). W roku 1991 H. Hercman określiła wiek krystalizacji najstarszych nacieków na 165+9 tys.lat. W latach 1993-95 Kicińska (1996) przeprowadziła szereg badań sedymentologicznych oraz analizę zagłębień wirowych.
W 1889 roku Pauli w pobliżu otworu trafił na kości kozicy i szczękę niedźwiedzia jaskiniowego. Kowalski (1953) wzmiankuje o znalezieniu przez niego zęba trzonowego niedźwiedzia jaskiniowego
Jaskinia jest dość wilgotna. W dolnych partiach występują dwa jeziorka, jedno przy wysokich stanach wód pełni rolę syfonu.
Roślinność zielona za otworem jest uboga.
W głębi zimują nietoperze: nocki duże (Myotis myotis), nocki wąsatki (Myotis mystacinus), nocki Brandta (Myotis brandtii) i gacki wielkouche (Plecotus auritus).