Otwór jest naturalny, trójkątny, ma wysokość 2,7 m, szerokość 3,5 m. Wprowadza do obszernego, poziomego korytarza wstępnego o długości 23 m. W jego stropie występują liczne szczeliny krasowe i kominki. Korytarz kończy się Dużą Salą (nazewnictwo większości elementów jaskini za Wołoszynem i Wójcikiem 1965) z ciasnymi rurkami krasowymi w ścianach. Do dalszych partii jaskini prowadzi wąskie przejście w lewej ścianie sali. Kilkumetrowy, niski kanał krasowy łączy Dużą Salę ze studnią o głębokości 5 m. Nad studnią dwoma przejściami w stropie kanału dochodzi się do Sali Naciekowej. W sali tej o długości 10 m, szerokości 4 m i wysokości 3 m występuje bogata, choć miejscami nieco zniszczona szata naciekowa. Dno sali pokrywają bloki skalne. W północnej części sali znajduje się studzienka głębokości 1,8 m z gruzem na dnie. Z części wschodniej sali prowadzący w górę przełaz doprowadza do Małej Sali. Jej kontynuacją jest Kominek Naciekowy o wysokości 3 m, stanowiący najwyższy punkt jaskini (+5 m).
W zachodniej części kanału krasowego doprowadzającego do 5m studni, około 1 m przed jej krawędzią znajduje się ciasne wejście do płaskiej salki o wymiarach 4x3 m.
W studni na końcu kanału bocznego z Dużej Sali (pod wejściami do Sali Naciekowej) znajduje się wąska szczelina doprowadzająca do Dolnej Komory. Dolna Komora ma wysokość do 2,5 m i wymiary 3 x 3 m. Jej dno pokryte jest blokami. Odchodzą od niej liczne, ciasne i krótkie korytarzyki wypełnione na końcach namuliskiem. W południowo –zachodniej części Dolnej Komory położone są dwa ciasne wejścia do płaskiej salki o wymiarach 5x3m i wysokości do 1 m, dno której rozcina niedostępna szczelina krasowa.
W kierunku południowym Dolna Komora przedłuża się w korytarz krasowy o długości 17 m, tzw. Kanion. Kanion, początkowo obszerny (wysokości i szerokości do 2,5 m), w końcowej części przechodzi w rurę o średnicy 0,5 m skręcającą gwałtownie na północny-zachód i zagłębiającą się w gliniastym namulisku. Cechą charakterystyczną Kanionu jest wyraźnie meandrująca rynna rozwinięta w jego dolnej części. Przy jej południowym końcu znajduje się niski przełaz doprowadzający do Płaskiej Sali - najniższej pustki jaskini (-17 m).
Jaskinia występuje w wapieniach dewońskich. Stanowi formę krasową rozwiniętą wzdłuż szczelin ciosowych, częściowo krasowo-zawaliskową (rozwarcia międzyławicowe). Zdaniem Walczowskiego (1966) powstała w pliocenie. Jej dno pokrywa namulisko gliniaste, miejscami gruz i bloki skalne. W namulisku Sali Naciekowej zostały znalezione kości dzika lub świni domowej Sus sp. oraz równowiekowa im ceramika pochodząca prawdopodobnie z XI - XII lub XIII wieku (Wołoszyn, Wójcik 1965; Hadamik, Kalina, Traczyński 2004).
Szata naciekowa występuje wyłącznie w Sali Naciekowej. Reprezentowana jest przez: polewy naciekowe, draperie z licznymi drobnymi "polami ryżowymi", stalaktyty (w tym "makarony"), stalagmity wysokości do 0,5 m i nieduże kolumny naciekowe a także cienkie naskorupienia nacieków agrawitacyjnych - "grzybków" i "krzaczków" zbudowanych głównie ze stwardniałego mleka wapiennego. "Makarony" i kolumienki naciekowe najlepiej zachowane są w rozległych, niskich (niedostępnych) rozwarciach międzyławicowych, otwierających się na obrzeżach sali. O perłach jaskiniowych i heliktytach wspominają Wołoszyn i Wójcik (1965).
Korytarz Wstępny i Duża Sala są suche, położone w strefie światła pełnego i półmroku. Głębsze partie są ciemne i wilgotne.
Mikroklimat jaskini ma charakter statyczny, przy czym wyższa część jej pustek jest statycznie "ciepła" (średnia temperatura - 7,60 C, przy wahaniach 2,20 C), natomiast jej dolne partie - statycznie "zimne" (średnia temperatura 5,9 0C). Warunki termiczno-wilgotnościowe korytarza wstępnego są silnie kształtowane przez warunki zewnętrzne (Wołoszyn 1977). Zróżnicowanie warunków środowiska w jaskini wpływa na charakter występujących w niej zbiorowisk faunistycznych (Sanocka-Wołoszyn, Wołoszyn 1971).
Wejście do jaskini porasta roślinność zielna.
Fauna Jaskini Zbójeckiej jest bardzo różnorodna i należy do najciekawszych zespołów tego typu w Polsce. Jaskinia jest jedynym stanowiskiem występowania troglobiontów w regionie. Tę grupę zwierząt reprezentują tu Arrhopalites pygmaeus (Wank.) i Porrhomma egeria Simon(Sanocka-Wołoszyn 1964, Wołoszyn, Wójcik 1965). Do troglofilów zalicza się spotykane tu chrząszcze (Coleoptera) z gatunkówCholeva agilis (Illiger)(Wołoszyn, Wójcik 1965) oraz Choleva angustata (Fabr.) i Quedius mesomelinus mesomelinus (Marsh.) oznaczone przez M. Bidasa (Gubała 1996a). Do tej grupy należą również pająki Meta menardi (Latr.),Lepthyphantes nebulosus (Sund.),Lepthyphantes angulipalpis (Westr.),Lepthyphantes leprosus (Ohlert) i Porrhomma pallidium Jackson (Sanocka-Wołoszyn 1964, Wołoszyn, Wójcik 1965). Skalski (1971) wspomina o występowaniu w jaskini pająka Porrhomma moravicum (Miller et Kratochvil).
Licznie reprezentowane są troglokseny. Do tej grupy należą muchówki, błonkówki, wśród których są pszczołowate (Apidae), a także wymieniane już przez Wołoszyna i Wójcika (1965) motyle z gatunków szczerbówka ksieni Scoliopteryx libatrix (L.) i rusałka pawik Inachis io (L.) oraz oznaczone przez Sanocką-Wołoszyn (1964) pająki: Segestria senoculata (L.),Centromerus sylvaticus (Bl.), Syedra gracilis (Menge), Meioneta rurestris (C.L.Koch),Linyphia triangularis (Cl.),Micrargus herbigradus (Bl.),Tetragnatha pinicola L. Koch,Tegenaria ferruginea (Panc.),Amaurobius claustrarius (Hahn.),Amaurobius fenestralis (Stroem.),Lepthyphantes alacris (a.).
Obserwowano tu szereg gatunków nietoperzy: nocka dużego Myotis myotis (Borkhausen), nocka Bechsteina Myotis bechsteinii (Kuhl), nocka Natterera Myotis nattereri (Kuhl), nocka wąsatka Myotis mystacinus (Kuhl), nocka Brandta Myotis Brandtii (Eversmann), nocka rudego Myotis daubentonii (Kuhl), nocka łydkowłosego Myotis dasycneme (Boie), gacka brunatnego Plecotus auritus (L.) (Ruprecht 1974, Wołoszyn 1960a, 1961a, 1962a, 1964a,b, 1992, 1994a, Wołoszyn, Postawa 1993, Wołoszyn, Wójcik 1965). Podczas obserwacji prowadzonych w latach 1994-96 poza wyżej wymienionymi gatunkami nietoperzy (z wyjątkiem nie obserwowanego Myotis dasycneme) napotkano w jaskini ponadto gacka szarego Plecotus austriacus (Fischer) i mopka Barbastella barbastellus (Schreber) (Gubała 1996b). Kowalski (1965) wspomina, że w jaskini chronią się lisy Vulpes vulpes L. Obserwowano tu również psy oraz kota polującego na nietoperze.