Otwór jaskini ma wymiary 0,3x0,6 m i stanowi trudny do pokonania, pionowy zacisk o trudnościach Z-II. Na głębokości 1 m zacisk rozszerza się w mytą studzienkę o głębokości 5,2 m. Sprowadza ona do szczelinowatego korytarza, rozwiniętego na tektonicznym pęknięciu, o kierunku SW-NE. Także dalsza część jaskini ma tektoniczny charakter. Wspomniany korytarz opada stromo w dół aż do podcięcia 6-metrowym progiem. Zapieraczkowy trawers w połowie jego wysokości prowadzi do małej salki, ograniczonej od góry zaklinowanymi blokami. Poniżej progu, po przejściu kolejnego przewężenia, w kierunku SE prowadzi ciasny korytarz, który na poziomie –10 m, poprzez wąską szczelinę i fragment mytego korytarzyka, jest zamknięty zawaliskiem. Natomiast na poziomie –16 m, poprzez kolejny, trzeci zacisk można przejść do głębokiej i zwężającej się szczeliny, osiągalnej tylko do głębokości 20 m.
Wracamy do zakręcającego w kierunku północno-wschodnim, głównego ciągu. Poniżej wspomnianego już trawersu korytarz powiększa swą szerokość do 1 metra. W płytkiej, 2-metrowej, urywającej się pod wschodnią ścianką studzience jaskinia osiąga maksymalnie dostępną głębokość -20,5m.
Powatała w wapieniach jurajskich. Wszystkie korytarze Jaskini Mysiej posiadają charakter pionowych szczelin, wysokich do 10 m i szerokich do 1 m. Ich dno jest zagruzowane odpękniętymi kamieniami i rumoszem skalnym. Namuliska brak. Szata naciekowa jest reprezentowana jedynie przez niepozorne formy grzybkowe w południowo-wschodnim odgałęzieniu.
Jaskinia jest sucha, pozbawiona cieków wodnych, zbiorników a nawet deszczu podziemnego. Rozproszone światło dociera do dna wlotowej studzienki.
Poza naskalnymi glonami i porostami roślinność nie występuje w tej strefie. W okresie zimowym obserwowano w jaskini hibernujące, pojedyncze nietoperze. Wlotowa studnia jest naturalną pułapką dla zwierząt aktywnych na powierzchni gleby, stąd też obecność w tym miejscu wielu bezkręgowców, takich jak biegacze Carabidaei trzyszcze Cicindela sp. z gromady owadów oraz stonogi Oniscus sp. z gromady skorupiaków. Wszędzie można zauważyć ślady (głównie odchody) myszy Apodemus sp., prawdopodobnie myszy leśnej i zaroślowej, szukających tu łatwej zdobyczy i bezpiecznego schronienia. Z grupy trogloksenów występują ślimaki bezskorupowe - pomrowy Limax sp.